По умолчанию в некоторых дистрибутивах (например, в fedora) есть Java-машина от GNU, но нету от SUN. Если сделать всё как на оф.сайте, то можно работать через JAVA_HOME и прямые пути. А вот чтобы прописать новую Яву как родную, надо поколдовать с так называемой alternatives, присутствующей опять же в некоторых дистрибутивах. Итак:

Качаем rpm с сайта http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html

На текущий момент это было http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk-7u1-download-513651.html

Соглашаемся с лицензионных соглашением и качаем jdk-7u1-linux-x64.rpm

wget http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/7u1-b08/jdk-7u1-linux-x64.rpm

Устанавливаем

rpm -ivU jdk-7u1-linux-x64.rpm

У нас оно поставилось в /usr/java/jdk1.7.0_01

Ява родная у нас видится, наверное, так:

/usr/bin/java

Для уточнения и избежания недоразумений, делаем так. Обновляем базу locate (база может обновляться долго) и, собственно, locate. Цель: поиск всех установок Java

updatedb;locate javac |grep bin

Ставим в альтернативес:

/usr/sbin/alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.7.0_01/bin/java 100
/usr/sbin/alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/java/jdk1.7.0_01/bin/jar 100
/usr/sbin/alternatives --install /usr/bin/javac javac /usr/java/jdk1.7.0_01/bin/javac 100

После чего в конфиге выбираем яву /usr/sbin/alternatives –config java

P.S.: по мотивам http://ru-itips.livejournal.com/689.html

Альтернативная версия на http://fedoraunity.org/Members/zcat/using-sun-java-instead-of-openjdk